En plus de l’évangile, trois épîtres nous ont été conservées par la tradition sous le nom de Jean. Elles offrent avec l’évangile sous sa forme actuelle une telle parenté littéraire et doctrinale qu’il est difficile de ne pas les attribuer au même auteur, probablement ce « Jean l’Ancien » dont parlait Papias (cf. 2 Jn 1 ; 3 Jn 1). La troisième épître est vraisemblablement la première en date ; elle tend à régler un conflit d’autorité qui avait surgi dans une des Églises relevant de l’autorité de Jean. La deuxième épître met en garde une autre Église particulière contre la propagande de faux docteurs niant la réalité de l’Incarnation. Quant à la première épître, de beaucoup la plus importante, elle se présente plutôt comme une lettre encyclique destinée aux communautés d’Asie, menacées par les déchirements des premières hérésies. Jean y a condensé l’essentiel de son expérience religieuse ; partant de thèmes parallèles successifs (lumière, 1 Jn 1.5s ; justice, 1 Jn 2.29s ; amour, 1 Jn 4.7-8s ; vérité, 1 Jn 5.6s), il veut montrer le lien intime qui existe entre notre état d’enfants de Dieu et la rectitude de notre vie morale, considérée comme fidélité au double commandement de la foi en Jésus et de l’amour fraternel (1 Jn 3.23-24). C’est un des écrits du NT les plus marqués par la pensée qui s’exprime dans les écrits de la secte de Qumrân : le double dualisme « lumière-ténèbres » et « vérité-mensonge » (1 Jn 1.5-7 ; 2.9-11 ; 2.21-22) ; le discernement des « esprits » (2 Jn 4.1-6) qui se termine par l’opposition entre « esprit de vérité et esprit d’erreur », comme à Qumrân. Dans l’évangile, une telle influence qumranienne est limitée à de rares passages, spécialement 3.19-21.
1 Jn 2.18-21 fait état d’un schisme qui se serait produit dans les milieux « johanniques ». Face à des dissidents tentés par la gnose, pour qui seul le message du Fils de Dieu compte, l’épître rappelle que le Sauveur du monde (1 Jn 1.14) était aussi un homme de chair (1 Jn 4.2 ; 2 Jn 7) et de sang (1 Jn 1.7 ; 5.5-6), avec un nom bien humain, Jésus (1 Jn 1.7 ; 2.22 ; 4.3 ; 5.1, 5), et que le disciple doit suivre son exemple (1 Jn 2.6 ; 3.16-18 ; 4.11, 20). De fait, la première épître contient une des affirmations les plus bouleversantes de toute la Bible : « Dieu est Amour » (1 Jn 4.8, 16).